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生物学
基于GEO数据库的不明原因复发性自然流产患者子宫内膜差异基因筛选及其生物信息学分析
目的探讨不明原因复发性自然流产(URSA)患者子宫内膜差异基因筛选及其相关信号通路及生物学过程。方法在基因表达总览(GEO)数据库中,以"recurrent spontaneous abortion""recurrent pregnancy loss""endometrium""homo sapiens"为关键词,检索URSA患者子宫内膜基因芯片数据集。利用R语言对URSA患者子宫内膜基因芯片数据进行分析,筛选差异基因,并对不同芯片数据集间差异基因取交集,获得共同差异基因。利用David数据库对共同差异基因的基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路进行富集分析。利用STRING数据库对这些基因数据集的差异基因编码蛋白的蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络进行构建,并采用Cytoscape软件(v3.0)进行可视化。结果 (1)本研究获得GSE26787和GSE65099共计2个URSA患者子宫内膜基因数据集,对这2个数据集差异基因取交集,最终获得23个共差异基因,其中上调基因为19个,分别为ADM2、SH3D21、FGFR4、SULT2B1、NRG2、SERPINA4、NLRP5、FAM124B、MCOLN3、SLC7A1、PPP1R1B、SQLE、SLC24A4、PLPPR5、EPHB3、SMIM24、ZNF589、SOX7、EDN3;下调基因为4个,分别为PRKCB、ANG、IRX5、ATG9B。(2)共同差异基因GO富集分析获得BP、CC和MF共计3个部分结果。共同差异基因在BP中,主要涉及细胞Ca~(2+)稳态、血管生成及细胞内信号传导;在CC中,主要涉及膜的整体组分;在MF中,主要涉及受体结合。(3)KEGG通路富集分析结果显示,共同差异基因富集于ErbB信号通路(P=0.070,FDR=55.245)。涉及该信号通路的共同差异基因为NRG2和PRKCB。结论基于GEO数据库,采用生物信息学的方法筛选到参与URSA发生、发展的部分差异基因,并为进一步研究提供数据支撑。
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中华妇幼临床医学杂志(电子版)
2020年05期

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