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肿瘤学
抗癌新靶点SLC33A1基因的生物信息学预测分析
目的对SLC33A1基因的理化性质、结构功能、蛋白相互作用以及不同物种间的同源性进行生物信息学预测分析,为SLC33A1功能的进一步研究提供参考。方法利用多种不同的生物信息学工具,对SLC33A1基因的理化性质、亲疏水性、信号肽结构、跨膜结构、亚细胞定位、三维空间结构、翻译后修饰位点、蛋白相互作用等进行预测分析。结果SLC33A1蛋白是一种中性稳定蛋白,具有疏水性,不存在信号肽序列,主要分布于细胞膜及膜结构细胞器,在囊泡膜的概率为13.0%;SLC33A1蛋白序列有11个跨膜结构域,6个胞外结构域,6个胞内结构域;SLC33A1蛋白三级结构弹性较大,空间结构比较稳定,拥有2个N-糖基化位点、2个O-糖基化位点及13个可能的蛋白激酶磷酸化位点;SLC33A1与ATM等7个蛋白具有高置信度的相互作用关系;SLC33A1主要参与肌醇需求酶1(inositol-requiring enzyme 1,IRE1)介导的未折叠蛋白应答的负调控、鞘糖脂、唾液酸化、细胞对γ射线的反应、内质网应激反应的负调控等生物学过程。结论利用多种软件对SLC33A1的性质及功能进行了深入了解,为抗癌新靶点的进一步研究提供了思路及理论支持。
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中国生物制品学杂志
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