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肿瘤学
基于二元网络异步重启随机游走算法预测肺癌风险致病基因
肺癌致病基因的发现及预测有助于认识肺癌的发生机理、诊断与防治,是人类基因组研究的重要目标。应用现有二元网络重启随机游走算法预测致病基因时,一般先在疾病表型网络、蛋白质作用网络及疾病-蛋白质二分图网络内随机游走一步,然后进行网络间跳转,这种策略不仅搜索效率较低,还可能遗漏蛋白质(或疾病)网络中的局部拓扑信息。鉴于此,作者提出一种二元网络异步重启游走(asynchronously random walk with restart,ARWRH)算法,构建疾病表型-蛋白质异构网络,深层次挖掘潜在肺癌风险致病基因。ARWRH算法首先在疾病表型网络、蛋白质作用网络及疾病表型-蛋白质二分图网络内随机游走不同步数,然后进行网络间跳转,迭代形成稳态概率向量,从而获得候选致病基因。仿真实验表明,ARWRH算法可有效预测肺癌潜在风险致病基因,多数预测结果获得了文献证据支持。
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生物物理学报
2015年01期
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