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生物学
利用分组重量编码预测细胞凋亡蛋白的亚细胞定位
从氨基酸的物化特性出发,利用物理学中“粗粒化”和“分组”的思想,提出了一种新的蛋白质序列特征提取方法——分组重量编码方法。采用组分耦合算法作为分类器,从蛋白质一级序列出发对细胞凋亡蛋白的亚细胞定位进行研究。针对Zhou和Doctor使用的数据集,Re-substitution和Jackknife检验总体预测精度分别为98.0%和85.7%,比基于氨基酸组成和组分耦合算法的总体预测精度提高了7.2%和13.2%;针对陈颖丽和李前忠使用的数据集,Re-substitution和Jackknife检验总体预测精度分别为94.0%和80.1%,比基于二肽组成和离散增量算法的总体预测精度提高了5.9%和2.0%。针对我们自己整理的最新数据集,通过Re-substitution和Jackknife检验,总体预测精度分别为97.33%和75.11%。实验结果表明蛋白质序列的分组重量编码对于细胞凋亡蛋白的定位研究是一种有效的特征提取方法。
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生物物理学报
2006年04期
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