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农作物
油菜沪油15中AP2/ERF-B3亚族转录因子的克隆和生物信息学分析
AP2/ERF转录因子家族广泛存在于植物中,参与植物细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因表达调控。本文利用油菜UniGene数据库,以拟南芥AP2/ERF-B3亚族转录因子保守序列为信息探针,分离得到2个油菜AP2/ERF-B3亚族的转录因子BnaERFB3-1和BnaERFB3-2。通过PCR和RT-PCR方法分别从双低甘蓝型油菜沪油15的DNA和cDNA中克隆了上述基因。序列分析显示,克隆的BnaERFB3-1-Hy15和BnaERFB3-2-Hy15转录因子与电子克隆的基因序列差异很小,均只有1个氨基酸位点不同,且都没有内含子。从氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性等方面进行了预测和较为全面的分析。结果显示BnaERFB3-1-Hy15和BnaERFB3-2-Hy15是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF5相似,BnaERFB3-1-Hy15和BnaERFB3-2-Hy15蛋白无序化程度大于拟南芥AtERF5。通过分析EST丰度显示,BnaERFB3-1的表达集中在种子中,而BnaERFB3-2的表达则集中在根中。另外,将上述基因分别构建入酵母表达载体和植物双元表达载体,为深入研究该基因在油菜抗逆调控中的作用奠定了基础。
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分子细胞生物学报
2008年03期
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