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肿瘤学
基于单细胞测序分析急性髓系白血病患者骨髓免疫微环境的特点
目的通过单细胞测序技术分析急性髓系白血病(AML)患者骨髓免疫微环境的组成情况,探讨不同类型免疫细胞的不同亚群在AML发生发展中的作用。方法检索基因表达数据库(GEO)中符合条件的scRNA-seq数据集(GSE116256),利用R语言的Seurat包对数据进行处理,利用SingleR包并参考既往研究对细胞亚群进行注释,计算不同类型免疫细胞的比例,寻找AML患者与正常对照组存在差异的细胞亚群并计算它们的差异基因(DEGs),对DEGs进行基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(KEGG),明确存在差异的细胞亚群在AML疾病进程中的作用。结果与正常对照组相比,AML患者的造血祖细胞、单核细胞、NK/T细胞、树突状细胞和B细胞的亚群比例均发生不同程度改变。通过对差异基因进行功能富集发现,AML的单核细胞、树突状细胞、B细胞以及T细胞的增殖、分化、免疫调控及对肿瘤细胞的杀伤功能出现不同程度损伤。结论 AML患者与健康人的免疫微环境存在较大差异,这些差异可能与AML的发生发展关系密切。
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山东大学学报(医学版)
2021年10期
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