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化学
戊烷与颗粒型甲烷单加氧酶的相互作用研究
颗粒型甲烷单加氧酶(Particulate methane monooxygenase,PMMO)是一个与细胞膜结合的金属酶,能将烷烃生物催化为醇.研究PMMO与烷烃的结合模式及催化机制将有利于设计合成一个新的模拟酶,进而有效地利用烷烃作为新能源.用分子对接方法获得了PMMO单体与一系列烷烃的结合模式,并对PMMO单体和PMMO-戊烷复合物进行了6 ns的分子动力学模拟,最后对复合物进行了构象成簇及结合能分析.结果表明,戊烷结合到靠近Zn2+的疏水口袋中,该口袋由pmoA亚基的M45~W60和R190~T193以及pmoC亚基的Q161’三个片段组成.动力学结果表明,与PMMO单体比,PMMO-戊烷复合物保持着相近的运动模式,但幅度更明显,另外,戊烷在疏水口袋中的大幅度运动对于PMMO发挥催化作用是必须的.结合能计算揭示疏水相互作用是戊烷与PMMO稳定识别的主要驱动力,所有模拟结果与实验数据吻合较好.
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化学学报
2011年24期

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