粤港澳大湾区要建设成为世界一流湾区，亟须集聚一批高水平大学和优势学科群来支撑其高质量发展。运用文献计量法对粤港澳大湾区与世界其他湾区高校群在1985—2021年期间发表的科技文献进行分析，发现四大湾区高校群在基础研究方面呈现出“一超多强”的发展格局，粤港澳大湾区高校群在科学产出及基础研究影响力等方面赶超旧金山、东京大湾区高校群，并初步形成了一批以材料科学、电子电气工程学为代表的优势学科。与世界其他一流湾区相比，粤港澳大湾区在高校基础研究均衡发展、优势学科群定位、产学合作、基础研究成果转化等方面仍有较大提升空间。基于此，针对粤港澳大湾区高校群的基础研究能力发展和打造优势学科群提出了对策与建议。