四库馆的开启(1773)为姚鼐与汉学派之间冲突的爆发提供了契机。如何对待以程朱理学为核心的宋学,是姚鼐与戴震等汉学家分歧的焦点所在。汉学诸家尊汉抑宋、弃宋,甚至反宋、意欲代宋,姚鼐则始终将宋学凌驾于汉学之上。在四库馆内,汉学派占绝对优势,并深得庙堂之助;傲岸的姚鼐不顾力小而孤,奋起抗争。由于那时学、政两界边线不明,姚鼐逆流而动,不仅被挤向学坛边缘,在仕途上也再无发展余地。因此,他最终被迫选择了退居林下之路。姚鼐裹进汉宋之争及其告退,是其学术生涯中最为重大的事件,对此后清代的古文史和学术史影响至巨。