新军是晚清政府"新政"期间仿照西方近代军制编练的新式陆军。周馥认为,改变清朝武装力量积弊的唯一途径就是建立按西方国家的营制、采用洋操训练、使用洋枪洋炮的新军。在任山东巡抚期间,周馥采取了许多措施,将山东军队训练成"大枝劲旅";踏上两江总督的仕途以后,十分重视军备建设,设立训练新军的管理机构——督练公所,理顺江苏军事管理体制,训练了10000多人的新式军队。但是包括周馥编练新军在内的清末新政的诸多举措,并未达到预期效果。