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生物学
利用电子克隆技术克隆病毒基因组
电子克隆(Cloning in silico)是指利用计算机技术,依托现有的网络资源,如EST数据库、基因组数据库等,采用生物信息学方法(同源检索、聚类、序列拼接等)延伸已知EST序列,以期获得部分乃至全长cDNA的一种方法。该技术目前主要应用于挖掘新基因和发现已知基因的不同剪接形式两方面,很少用于病毒学研究上。考虑到真菌病毒及其相关的一些植物病毒如双分病毒科(Partitiviridae)、单分病毒科(Totiviridae)、内源病毒科(Endornaviridae)和产黄青霉病毒科(Chrysoviridae)等病毒对其寄主一般没有显著的表型影响,大量用于构建cDNA文库的物种或菌株可能携带病毒而未被发现,不难想象这些病毒的序列也可能会被一同克隆和测序出来。基于这一点,我们利用上述病毒科所有已知病毒序列作为种子序列,分别对NCBI dbEST数据库进行同源性检索,提取具有统计意义(E值<10~(-5))的序列,按物种来源分别进行聚类,序列拼装,构建序列重叠群(contig),再以此重叠群为种子序列在相同物种中重复进行同源性搜索、聚类、拼接直至达到最大延伸。
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中国植物病理学会2010年学术年会论文集
2010年

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