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肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

崔爱利;许文波;李秀珠;胡家瑜;凌华;唐伟;杨智宏;张燕;陈立;Hiroyuki Shimizu

  2002~2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株。利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT PCR方法对病毒进行初步鉴别。根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别。RT PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71。10株病毒的RT PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法。对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26和CHN 87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89 3%~94 6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81 3%~84 0%,差异较大。在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26)的同源性较高,在94 5%~100%范围内。在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支。与CHN 87株的同源性在92 1%~93 6%之间。与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源?……   
[关键词]:肠道病毒71型;基因型;分子流行病学
[文献类型]:期刊
[文献出处]: 《病毒学报2004年02期
[格式]:PDF原版; EPUB自适应版(需下载客户端)