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圆斑星鲽(Verasper variegatus)微卫星标记的筛选及应用

王佳实

   圆斑星鲽(Verasper variegatus)属冷温性大型底栖鱼类,是一种味道鲜美的高级食用鱼类。本研究以圆斑星鲽为研究材料,探讨了圆斑星鲽的微卫星标记的筛选及多态性检测,并对微卫星标记在圆斑星鲽近缘种中的通用性进行了探讨。 我们利用富集文库-菌落原位杂交法构建了圆斑星鲽的微卫星基因组文库,筛选圆斑星鲽的微卫星标记:以圆斑星鲽肌肉为材料,提取基因组DNA由Alu I进行酶切,经过膜富集(AC)n和(AG)n后构建了圆斑星鲽微卫星文库。运用菌落原位杂交的方法,使用(AC)n和(AG)n为探针进行杂交,筛选得到阳性克隆,经测序共获得了429个含有微卫星序列的克隆,其中294条可以进行引物设计,93对引物的扩增产物具有多态性。由此可见,该方法适于大量高效筛选微卫星标记。 随后用21对微卫星引物对一个野生圆斑星鲽群体(30个体)进行遗传多态性检测。结果发现等位基因数目从4到14个不等,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.1371-1和0.0487-0.9117。Hardy-Weinberg平衡检测显示有5个位点明显偏离HWE预期值(p<0.005),运用软件GENEPOP进行连锁不平衡检测,无连锁不平衡现象发生(p<0.05)。以结果上表明,这些微卫星标记都具有较高的多态性及信息含量,适合进行各种遗传学分析。 此外,本研究利用上述21个位点及成功优化的231对引物分别检测了圆斑星鲽微卫星在牙鲆、石鲽和半滑舌鳎三类近缘种中的通用性。其中,在石鲽与牙鲆中扩增出具有多态性的特异的条带的引物数目分别为13对和10对,通用比率分别为61.9%和47.6 %,而在半滑舌鳎中的通用性进行检测结果显示,有31对引物能在半滑舌鳎中扩增出具有多态性的特异的条带,通用比率为13.4%。研究表明,圆斑星鲽微卫星标记引物在鲽亚目(牙鲆、石鲽)鱼类中有较高的通用性,而在鳎亚目(半滑舌鳎)中通用性相对较低,进而证明微卫星的保守性使其在进行近缘物种亲缘关系分析时是可行的。本研究的结果,为促使圆斑星鲽种群遗传学研究和遗传育种研究提供了有力的工具。……   
[关键词]:筛选;微卫星;圆斑星鲽;遗传多样性;近缘种;通用性;黄海群体
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:中国海洋大学2009年