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利用20个微卫星标记分析国内外11个鸡群体的遗传多样性

曾盛诚

   本研究测定了11个家鸡(3个巴布亚新几内亚的地方群体、5个中国地方群体和3个商业品种)和1个红原鸡群体在20个常染色体微卫星座位上的遗传多样性;统计了观测等位基因频率(Na)、有效等位基因数(Ne)、杂合度(H)和多态信息含量(PIC)等遗传多样性参数;依据Nei’s DS和DA遗传距离,采用UPGMA法和NJ法构建了分子系统聚类树;并用STRUCTURE软件推导了群体的遗传结构。结果表明: 20个微卫星座位均表现多态。在588个样品中共检测到213个等位基因,其中检测到等位基因数最多的座位是LEI0234,为27个;最少的是MCW0222,只有5个;每个基因座上的平均Na为10.65±5.30,平均Ne为2.954±0.089,平均PIC为0.526– 0.680,除LEI0166、MCW0216、MCW0248、MCW0222、MCW0014、MCW0067和MCW0081等7个基因座的PIC在0.4– 0.5之间外,其余座位的PIC均大于0.5;除座位MCW0216外,其它座位有1至6个群体显著地偏离Hardy-Weinberg平衡(P < 0.05),而各群体有1至12个基因座显著地偏离Hardy-Weinberg平衡(P < 0.05)。 12个群体的遗传多样性较为丰富,平均期望杂合度为0.615,其中最高的是巴布亚新几内亚的PMA群体,为0.680;最低的是罗曼鸡,为0.526。AMOVA分析表明,红原鸡与家鸡群体、商业品种与地方鸡群体组间存在遗传变异,但大部分遗传变异存在于群体内个体间。 各个群体间的Nei’s DS和DA的变化趋势基本一致,其中海南红原鸡与罗曼鸡之间的遗传距离最远(DA = 0.460);海兰褐和罗曼鸡之间的遗传距离最近(DA = 0.064)。聚类分析、主成分分析和群体遗传结构推导均表明群体间的遗传背景差异较大,12个群体可以分为七类:蛋用商业品系的海兰褐和罗曼鸡;肉用商业品系爱拨益加鸡;甘肃的两个地方群体-会宁鸡和民勤鸡;福建的地方群体-德化黑鸡;经过选育的地方群体-北京油鸡和福建丝羽乌骨鸡;巴布亚新几内亚的3个地方群体;海南红原鸡。……   
[关键词]:;地方品种;商业品系;红原鸡;微卫星;遗传多样性
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:中国农业科学院2009年