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梨火疫病原菌核糖体基因结构序列的特征研究及病菌的分子检测

刘华威

   梨火疫病菌(Erwinia amylovory)引起的梨火疫病是梨树、苹果树等蔷薇科植物上是最具毁灭性的病害之一,是我国重要的进境检疫对象。梨火疫病菌的长距离传播主要靠不同地区间繁殖材料和水果的调运完成。因此,完善梨火疫病菌的检测体系有助于控制梨火疫病在我国的传播。 本研究利用细菌通用引物16SF/16SR扩增出梨火疫病菌16S的1489bp核糖体基因片段,根据16S序列比对,与GenBank中登记序号为AF141895.1的梨火疫病菌16S序列有98%的相似性,即证明菌株的正确性。 利用细菌通用引物C1/C3扩增23S序列,其长度为2446bp。在23S、16S片段中设计引物23SL/16SL,ITS-S/ITS-R分别扩增16S与23S间和ITS1序列,扩增片段大小分别为1657bp、397 bp,经软件编辑,梨火疫病菌核糖体基因全长为5813 bp,其中ITS1为397bp,23S为2917bp,ITS2序列为88bp,5S为115bp,IGS为807bp,其中ITS1序列中含有一个tRNA-Glu。 利用DNAMan、DNAsist1.0、Primer 5.0软件,对23S、IGS碱基序列的酶切位点、ORF、motif结构进行初步分析。利用软件包EXPAsY将23S、IGS碱基序列推导为氨基酸序列后,对等电点、跨膜螺旋、疏水性等进行计算、预测;预测这些氨基酸序列二级结构,结果显示梨火疫病菌的23S、IGS氨基酸二级结构均有α螺旋,β折叠;据PDB数据库的氨基酸二级结构比对结果表明,23S与编号为2EZU65的氨基酸相似性为33%,IGS与编号为2GMW66的氨基酸相似性为75%。 据23S、IGS序列设计的特异引物23SF/23SR、IGS-S/IGS-R,分别在梨火疫病菌中扩增出166bp和154bp特异片段,检测的灵敏度分别为10-6μg/mL和10-7μg /mL,量化为细菌个数,23SF/23SR检测灵敏度为3.4x102cfu/ml。 根据梨火疫病在中国的潜在预测分布,采集可能分布区内幼梨品种接种,结果表明所采集的46份中国梨品质中9份感病,37份抗病;8份外国梨品质中,6份感病。……   
[关键词]:梨火疫病菌;分子检测;核糖体基因;序列分析;抗性鉴定
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:新疆农业大学2008年