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部分鸭种线粒体D-环部分序列多态性与系统发育关系研究

杜娟

   本试验采用Sanger双脱氧链终止法测定了我国浙江省4个家鸭品种(类群),1个野鸭品种及1个番鸭品种共106个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)部分序列,分析结果表明: 浙江4个家鸭品种共60个个体mtDNA D—环部分序列(523bp)T、C、A、G的平均含量分别为:25.1%、35.0%、23.5%、16.5%;共检测到12个变异位点,约占总位点的2.29%;其中单一多态位点(Singleton polymorphic Sites)8个,占1.53%;简约信息位点(Parsimony informatire polymorphic sites)4个,占0.76%。共检测到两种变异类型,即转换、颠换,其中转换10次,颠换2次,分别占总变异位点的83.3%、16.7%。各品种内核苷酸多样度分别为0.408%、0.193%、0.098%、0.372%。说明这四个品种内核苷酸多样度不丰富。试验共检测到12种单倍型,平均单倍型多样度较高(0.769±0.035),说明浙江家鸭核苷酸单倍型类型较丰富。但总体来说,浙江家鸭的遗传多样性较低。 本试验测定了西湖野鸭31个个体mtDN D—环部分序列,共检测到4种单倍型(Haplotype),单倍型多样度为0.424±0.095,核苷酸多样度为0.00478±0.00342,表明西湖野鸭的单倍型类型和核苷酸多样度并不丰富。结合Genbank中已报道的绿头野鸭序列计算品种间遗传距离,结果表明:西湖野鸭和浙江家鸭与绿头野鸭单倍型B之间的遗传距离最大,分别为0.030±0.007,0.032±0.007;西湖野鸭和浙江家鸭间的遗传距离最小,为0.004±0.007。从系统发生树中可以看出绿头野鸭和斑嘴鸭主要分为两个进化支A和B,而西湖野鸭和浙江地方品种家鸭的16种单倍型则全位于分支A中,表明家鸭起源单一。 本试验测定了浙江番鸭15个个体mtDNA D—loop区部分序列,T、C、A、G的平均含量分别为:24.3%、33.5%、25.1%和17.1%。试验共检测到7个变异位点,6种单倍型,单倍型多样度为0.790±0.079,说明番鸭单倍型比较丰富,但核苷酸多样度并不丰富。结合已报道的鸭科河鸭属(10个个体)、狭嘴潜鸭属(1个个体)和鸳鸯属(2个个体)mtDNA D-loop序列计算四个属间的遗传距离,并构建番鸭线粒体D环序列分子系统树。结果表明,番鸭与鸳鸯属、河鸭属、狭嘴潜鸭属的遗传距离较近,分别为0.089±0.013、0.095±0.013、0.111±0.016。在系统分支中,番鸭也是先与鸳鸯属聚为一支,再与狭嘴潜鸭属和河鸭属聚在一起。这说明从遗传距离来看,番鸭与鸳鸯属的鸭亲缘关系最近。……   
[关键词]:D-环;遗传多样性;家鸭;西湖野鸭;番鸭
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:四川农业大学2007年