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中国主要地方鸭种线粒体DNA部分序列的遗传多样性及其起源进化研究

何大乾

   本文共测定了中国家鸭和野鸭265个个体线粒体DNA D-loop区523bp序列,另外还测定了27个样本的线粒体细胞色素b基因(Cytb)546bp序列片段,番鸭2个群体的56个个体mtDNA D-loop区549bp片段。对这些序列片段及其它已经发表的相应序列片段进行了邻接法、网络图法等分析,得出如下主要结论: 1、本试验所扩增中国家鸭线粒体DNA D-loop区片段平均长度为522.9bp,A+T含量为48.6%,G+C的含量为51.4%,A+T含量略低于G+C的含量。 2、在中国家鸭线粒体DNA D-loop片段525个位点中共检测到28个多态位点,占5.3%,其中单一多态位点14个(50.0%),简约信息位点14个(50.0%)。共发现转换、颠换、插入/缺失,以及转换和颠换在同一位点上4种变异类型。 3、中国家鸭线粒体DNA D-loop遗传多样度低,品种间的平均核苷酸差异数为1.099,品种间平均核苷酸多样度为0.00214±0.00018;单倍型多样度变异范围为0.133±0.112—0.752±0.076。 4、10个中国家鸭品种mtDNA Cytb基因546bp片段中,T、C、A、G的平均含量分别为23.0%、37.7%、26.2%、13.0%,A+T的含量为49.2,G+C的含量为50.8%,密码子一、二、三位点的优势碱基分别为C、T和C;成功编码181个氨基酸,含有20种氨基酸,含量最少的为Cys(0.55%),而Leu含量最高,达到19.89%。 5、在所测定的10个品种27个个体mtDNA Cytb基因546bp片段中,共检测到7种单倍型,单倍型多样度为0.504±0.114;7个变异位点,包括4个颠换(57.1%),3个转换(42.9%),核苷酸多样度为0.00155±0.00054;4个位点的变异发生在密码子的第三位点,3个位点的变异发生在密码子的第一位点。本试验结果与先前报道的结果差异较大,主要是颠换发生的比例高,非同义替换也达到了42.9%。 6、中国家鸭品种mtDNA Cytb基因546bp片段同义密码子的使用出现较大的偏倚性。 7、中国绿头野鸭母系起源属于单倍型类群A,其地理分布与Kulikova等(2004,2005)的结论一致;中国家鸭起源于绿头野鸭,在品种形成过程中掺入了少量斑嘴鸭血缘;中国家鸭具有单一的母系起源,我国家鸭品种间遗传差异小。 8、中国饲养的番鸭遗传多样度低;中国番鸭2个群体56个个体mtDNA D-loop区549个位点中共检测到11个多态位点(2.0%),其中单一多态位点7个(63.6%),简约信息位点4个(36.4%);确定了10种单倍型,其中单倍型H3是主体单倍型,33次。核苷酸多样度为0.00245±0.00043,单倍型多样度为0.631±0.068。……   
[关键词]:中国家鸭;绿头野鸭;斑嘴鸭;番鸭;家鸭起源;线粒体D环
[文献类型]:博士论文
[文献出处]:四川农业大学2007年