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一株O型口蹄疫病毒分离株的全基因序列分析

朱丽杰

   口蹄疫(Foot-and-Mouth Disease,FMD)是由口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth Disease Virus,FMDV)引起的牛、羊、猪等偶蹄动物感染的一种烈性传染病,该病的发生和流行严重危害畜牧业的健康持续发展,造成巨大的经济损失,因此世界各国相当重视对该病的研究和防制。 本试验以牛FMDV分离株HLJOC12/03细胞培养毒为材料,提取病毒总RNA,以提取的RNA为模板,根据参考序列设计合成特异性引物,通过RT-PCR方法获得了此株病毒基因组的核苷酸序列,并将其克隆到pMD18-T载体上,转化宿主菌TG1感受态细胞中,经PCR、酶切鉴定以及测序证明得到了此株病毒各段基因。利用DNAStar软件包中的SepMan软件进行序列拼接,基因组测得的5 非编码区(5 UTR)长1052个核苷酸(nt),IRES长455nt;L编码区基因长603nt,编码201个氨基酸(aa);P1编码区基因长2002nt,编码734aa;P2编码区基因长1470nt,编码490aa;P3编码区基因长2721nt,编码907aa;3 UTR从TAA始至poly(A)前长93nt,所测出poly(A)尾长度为16nt;由此本毒株已测得基因长为8158nt,编码区长6999nt,编码2332aa,将所得序列与国内外FMDV参考序列进行同源性比较和分析,绘出遗传进化树图谱,发现此株病毒属于O型FMDV的SEA拓扑型。 将FMDV HLJOC12/03与10株参考毒株进行了比较,分析结果显示:FMDV HLJOC12/03基因组核苷酸序列与参考毒株O5india同源性最高,为90.6%;与C3Indaial同源性最低,为84.0%。与参考毒株的氨基酸同源性比较结果表明,与O5india同源性最高,为96.6%;其次是Tibet/CHA/99,为95.9%;最低是Asia1ZB/CHA/58,为90.5%。VP1暴露在病毒颗粒的表面,是诱导产生中和抗体的主要成分,FMDV HLJOC12/03 VP1与参考毒株核苷酸序列同源性最高的是Tibet/CHA/99,为85.3%;最低是C3Indaial,为62.7%;而氨基酸序列的同源性最高的是O5india,为92.9%;最低是Aarg2001,为65.1%。同时分别根据FMDV HLJOC12/03 L、VP1、3C核苷酸序列与10株参考毒株建立了系统发生树,研究其遗传关系,可以为我们提供型间重组这一偶然事件发生的可能依据,分析结果表明:与Asia1-2ISRL的VP1蛋白编码区遗传关系较远,但L、3C蛋白编码区遗传关系较近,说明HLJOC12/03与Asia1-2ISRL有基因重组的可能。本研究为进一步研究FMDV的分子结构及探明病毒的遗传演化关系、基因工程疫苗的研制等提供参考数据。……   
[关键词]:克隆;口蹄疫病毒;序列分析
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:东北农业大学2007年