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几种鼢鼠mtDNAD-loop区序列多态性与系统发育关系的研究

杨路存

   本研究从甘肃境内采集甘肃鼢鼠、斯氏鼢鼠、高原鼢鼠、秦岭鼢鼠47个样品,采用酚/氯仿法提取基因组DNA,自行设计一对引物,利用PCR技术扩增并测出了4种鼢鼠22个个体的mtDNA D-loop区全序列。然后用ClustalW,Bioedit,DNAStar软件包的EditSeq对这22个个体的线粒体DNA D-loop区全序列进行编辑、比对,使用软件DNASP4统计核苷酸多态性、净遗传距离、单倍型、鼢鼠种间的基因流,采用Mega3.1软件输入变异位点,并构建NJ、UPGMA树。实验取得如下结果: 1.鼢鼠mtDNA D-loop区全序列长度为893、894、895、896或899bp,检测到298个多态位点,占分析位点总数的33.1%,其中单一多态位点43个,简约信息位点225个。核苷酸位点突变类型有五种,即转换、颠换、插入/缺失及转换与颠换共存。碱基转换以TC形式为主,占72.1%,AG占27.9%。本文还发现五个特殊位点,即197、222、231、261、296出现ATGC。本文把这五个位点称之为转换与颠换共存位点。 2.四种鼢鼠22个个体mtDNAD-loop区全序列中,T、C、A、G四种核苷酸的平均比例分别为34.1%、23.4%、30.1%、12.4%,A+T含量64.2%,G+C含量35.8%,A+T含量明显高于G+C含量,说明鼢鼠线粒体D-loop富含A+T,表现出较强的碱基偏倚性。 3.对22条mtDNA D-loop的全序列进行同源性比对,结果发现20种单倍型,其中临潭1号甘肃鼢鼠、临洮1号甘肃鼢鼠共享一种单倍型;临洮2号甘肃鼢鼠与合水1号甘肃鼢鼠共享一种单倍型;其余18个个体分别单独享有一种单倍型,单倍型比例为81.82%,说明中国鼢鼠mtDNA遗传多态性很丰富。 4.根据群内基因流以及群间的遗传距离分析,认为四种鼢鼠间出现了显著的遗传分化。甘肃鼢鼠五个类群、高原鼢鼠两个类群、斯氏鼢鼠三个类群和一个秦岭鼢鼠可作为9个地方类群。从分歧时间来及聚类结果系统发育树上看,高原鼢鼠与秦岭鼢鼠的遗传关系较近;同样甘肃鼢鼠与斯氏鼢鼠遗传关系较近。 5.根据遗传距离及聚类结果系统发育树上看,本试验四种鼢鼠可以聚为两类,表明鼢鼠可能有两个起源。……   
[关键词]:鼢鼠;系统发育;基因流;线粒体DNA控制区;序列多态性
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:甘肃农业大学2007年