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肉牛Calpain 1基因的SNPs筛查及其与肉质相关性分析

吴慧光

  随着人民收入水平的提高,我国牛肉的消费需求迅速增加,这种增加既表现为对牛肉数量需求的增长,更表现为对质量要求的提高,我国居民越来越重视牛肉的品质。牛肉的肉质性状是一类非常重要的经济性状。牛肉质量的好坏直接影响到肉牛业的持续发展和经济效益。研究表明,钙激活中性蛋白酶1(Calpainl,CAPN1)基因是影响牛肉肉质性状的主要的候选基因。本课题主要研究筛查该基因的SNPs及其对牛肉的嫩度、大理石花纹、酸度、肉色的影响。本实验采用生物信息学的方法,利用公共数据库资源对牛的CAPN1基因进行SNPs筛查,证实了CAPN1基因的A3717G、A3854G、C4789T、A5688G、C5709G、A6270G共6个SNPs突变位点的存在。C5709G位点引起了氨基酸序列的改变,由甘氨酸变为丙氨酸。本实验的6位点上所有的10个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在A3717G位点上,等位基因G在所有的10个群体中为优势等位基因。杂种牛的遗传多态性明显高于纯种牛,大厂西门塔尔杂种牛的遗传多态性最大,海福特牛的遗传多态性最低。晋南牛、鲁西牛和秦川牛三个地方品种牛的遗传多态性略高于安格斯牛和海福特牛两个国外品种牛。在A3854G位点,大部分品种牛遗传多态性较大,而鲁西牛和海福特牛的遗传多念性相对较小。C4789T位点的等位基因T、A5688G位点的等位基因G、C5709G位点的等位基因G和A6270G位点的等位基因G在群体里为优势等位基因。这4个位点在遗传特性上表现为极大的相似性,各群体的遗传多态性较低。在A3854G位点上,鲁西牛和海福特牛的基因型分布与其他品种的牛之间存在显著性的差异,其他的5个位点上各基因型分布较为一致。在10个群体中,C4789T、A5688G、C5709G、A6270G位点之间各位点处于连锁不平衡状态。共检测到了16个不同的单体型。A-A-T-G-G-G、G-A-C-A-C-A、G-A-T-G-G-G、G-G-T-G-G-G为最为常见的单体型,其他的单体型较为少见。C4789T、A5688G、C5709G、A6270G位点之间存在紧密连锁,而A3717G和A3854G位点之间连锁不紧密。在A3717G位点上,AG基因型和GG基因型的嫩度值好于AA基因型的嫩度值。在A3854G位点上,GG基因型的嫩度值好于AA基因型的嫩度值。但是在C5709G位点上,各基因型的嫩度值没有显著性差异。对于肉色性状,A3717G位点和A3854G位点与各基因型的肉色均值无显著性差异,C5709G位点CC型的肉色值好于GG基因型和GC基因型的肉色值。CAPN1基因各位点的基因型对大理石花纹和酸度均没有显著性的影响。鲁西黄牛、晋南牛、秦川牛的大理石花纹好;安格斯牛、海福特牛、宝龙山西门塔尔杂种牛的嫩度好;安格斯杂种牛、晋南牛、利木赞杂种牛、秦川牛、海福特牛的酸度低;安格斯杂种牛、大厂西杂牛、夏洛来杂种牛、宝龙山杂种牛、安格斯牛的肉色较好;2.0岁到3.0岁上,大理石的花纹好于其他年龄阶段的牛。……   
[关键词]:;CAPN1基因;SNPs;肉质;单体型
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:河北农业大学2006年