手机知网 App
24小时专家级知识服务
打 开
手机知网|搜索

中国部分地方鸡种MHC B-LBⅡ、B-G基因变异及其群体遗传结构研究

徐日福

  鸡的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)是指16号染色体上的一组紧密连锁、高度多态的基因群,位于MHC B区的基因群包括B-F(Ⅰ类)、B-L(Ⅱ类)和B-G(Ⅳ类)三个基因座,它们所编码的抗原决定着机体的主要组织相容性,其不仅与免疫应答和免疫调节密切相关,而且对许多重要经济性状也有一定影响。将MHC与分子生物学、免疫遗传学、群体遗传学等相结合研究,将成为家禽遗传育种,尤其是抗病育种领域的焦点。本研究利用生物信息学与群体遗传学、分子生物学技术相结合的方法,以12个中国地方鸡品种为实验材料,对其MHCB-G基因和B-LB Ⅱ基因的遗传变异及群体遗传结构进行研究,取得了如下结果:1.采用RT-PCR和RACE技术,获得了鸡的MHC B-G基因的全长cDNA序列,推导出了相应的MHC型B-G抗原分子氨基酸序列,并对其抗原性进行了初步预测。2.对中国8个地方鸡品种B-G基因第二外显子序列的遗传多态性进行研究表明,核苷酸的多态变异位点为37个,其中简约性信息位点29个,单变异位点8个;各变异位点的核苷酸变异指数为0.206-1.462;第二外显子核苷酸异义替换率为9.26±1.92%,高于同义替换率,2.34±0.90%。3.发现了属于10个等位基因主型的31个B-G新等位基因,利用人和哺乳动物的等位基因命名规则对其进行命名,并将DNA序列提交GenBank数据库;GenBank收录号分别为:AY744339-AY744348,AY792330-AY792338,AY792340和AY792342-AY792352。对B-G新等位基因在中国地方鸡品种中的不均衡分布及其不同等位基因间的系统发生关系进行了分析。4.对中国8个地方鸡品种B-LB Ⅱ基因第二外显子序列的遗传多态性进行研究表明,核苷酸的多态变异位点为68个,其中简约性信息位点51个,单变异位点17个;序列同源性达90.6%-99.5%;核苷酸异义替换率为14.64%±2.67%,高于同义替换率,2.92%±0.94%。为鸡B-LB Ⅱ基因多态性进化机制研究提供了参考资料。5.共发现了34个B-LB Ⅱ新等位基因,对其进行命名后,将DNA序列提交GenBank;GenBank收录号分别为:AY744338,AY744349-AY744363,AY770594-AY770606和AY7786309-AY7786313。并对B-LB Ⅱ新等位基因间的系统发生关系进行了分析。6.对B-LB Ⅱ基因和B-G基因第二外显子所分别编码的β1、类Ig-V结构域氨基酸序列的遗传变异进行了分析,并对其抗原性、亲水性和疏水性进行了初步预测。7.本研究首次对部分家禽(家鸡、雉鸡、鹌鹑)B-LB Ⅱ基因第二外显子与哺乳动物(人、猪、奶牛、绵羊、山羊、小白鼠和大鼠)MHC Ⅱ类β基因第二外显子序列进行了比较。结果表明,该序列在家鸡间的同源性达91.1-97.8%,家鸡与雉鸡、鹌鹑间……   
[关键词]:中国地方鸡;MHC;B-LBⅡ基因;B-G基因;遗传变异;等位基因;关联分析;群体遗传结构
[文献类型]:博士论文
[文献出处]:华中农业大学2005年