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鲟形目鱼类中微卫星Spl-106位点的复杂变异

邵昭君

  本文针对鲟形目鱼类中一个四碱基重复微卫星位点(Spl-106)在16 种鲟鱼中的变异情况进行了较详细的研究。根据序列测定的结果,初步总结了该位点的进化过程及突变模式,并讨论了微卫星标记应用过程中,采用电泳图谱数据时应注意的一些影响因素。同时,根据该位点的侧翼序列的变异情况,重建了其中12 种鲟形目鱼类的系统发育关系。主要研究结论如下: 1.微卫星位点Spl-106 最初是从铲鲟基因组筛选获得。利用优化设计后的该位点引物As-100,对其他15 种鲟形目鱼类(鲟属11 种,鳇属2 种,白鲟科2 种)的103 个个体进行种间交叉扩增,其中13 种鲟鱼都获得了有效的扩增产物,只有白鲟和意大利鲟没有扩增成功。对220 个PCR 产物的测序结果表明,只有11 种鲟鱼的扩增产物是Spl-106 位点的序列,且都表现为多态,多态信息含量在0.320 -0.969 之间,观测杂合度在0.25 -1.00 之间。欧洲鲟和匙吻鲟上扩增产物与Spl-106 位点不同源。2.Spl-106 位点等位基因的长度分布是不连续的,最大和最小片段长度的等位基因离主带区较远,在计带时很容易被忽略。并且在7 种鲟鱼种群内部发现有等位基因间的异源同形现象(Size homoplasy),同一长度的PCR 产物(电泳态)可能包含着2-7 个不同序列结构的等位基因。引物As-100 存在多位点扩增现象,除Spl-106位点外,还检测到19 个不同源的微卫星位点。这些位点的PCR 产物与Spl-106 位点的PCR 产物片段大小相近,交错分布,且大部分位点都在多种鲟鱼中同时出现,因此,在进行基于电泳图谱的微卫星标记数据分析时,可能被错误地统计。3.由于引物的多位点扩增,用As-100 在欧洲鲟中共检测到6 个不同位点,其中两个主要位点的侧翼序列与Spl-106位点侧翼序列之间的相似度分别为0.3和0.26,核心重复结构分别为(TAAA)n 和被几个T 碱基打断的多聚A (PolyA)结构。湖鲟中发现两个异源同形(207bp)的“姐妹等位基因”,两者共有60 个差异碱基在整个……   
[关键词]:鲟形目鱼类;微卫星位点;复杂变异;多位点扩增;系统发育
[文献类型]:博士论文
[文献出处]:中国科学院研究生院(水生生物研究所)2005年