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鸡多趾候选基因的SNPs及表达差异研究

杜晓惠

  多趾存在于少数鸡种中,便于实验操作和观察,是研究肢体发育过程中基因之间相互作用的极好材料。参考人和鼠多趾相关基因间的相互作用以及多趾同源区间,我们将En2、Shh、Lmbr1、Hlxb9和Gli3基因作为鸡多趾研究的候选基因,寻找与多趾有关的SNPs,并检测候选基因表达上的差异,希望揭示候选基因间的相互作用并阐明鸡多趾形成的原因。SNP搜寻所用实验材料共6组,有丝羽乌骨鸡(五趾)、A系肉鸡(四趾)、四趾菊花鸡、五趾菊花鸡、四趾北京油鸡和五趾北京油鸡。每组选5个个体对候选基因进行PCR后分6组混合回收产物并测序比对,在五个候选基因的外显子、内含子保守区以及Lmbr1的5’上游区寻找能严格区别四趾和五趾表型的SNPs作为趾型相关SNPs。结果显示这五个候选基因的外显子相当保守,只发现Lmbr1外显子16的一处C/T变异和Gli3外显子15的G/A变异,没有造成氨基酸改变,但测序比对或SSCP筛查排除了它们与趾型的关系。在候选基因的内含子保守区我们只发现Lmbr1的内含子5有一处C/A变异与趾型相关,定位在chr2:7901586bp。所有的四趾鸡该位点都为C,所有的五趾鸡该位点都为A/N。对菊花鸡、北京油鸡、CAU资源家系(由A系肉鸡和丝羽乌骨鸡建立)共517个体中进行了SSCP群体分型,证实了这个SNP的确与趾型相关。在Lmbr1 5’上游区段的筛查中,我们从26处变异中筛查出6处趾型相关SNP,并将这6处SNP定位在Chr2:7922655~Chr2:7928742bp之间。在MatInspector网上预测中,Lmbr1 5’上游的6处SNP中有3处改变了同源异形蛋白因子或胚胎形成有关的蛋白结合位点。Lmbr1内含子5的变异至少改变了3个同源异形蛋白因子的结合位点,为其编码的Hox基因家族在人和鼠多趾的发育与模式形成中起着重要作用。预测结果也支持Lmbr1与趾型有关。候选基因的表达研究采用白莱航(四趾)和丝羽乌骨鸡(五趾)的纯繁种蛋同批孵化,选择同期发育的胚胎分为头、躯体和肢芽三部分提取RNA。采用RT-PCR法,我们最早在1d(孵化24小时)检测到Gli3、Lmbr1和Shh的表达,早于胚胎原位杂……   
[关键词]:;多趾;候选基因;SNP;表达
[文献类型]:博士论文
[文献出处]:四川农业大学2005年