手机知网 App
24小时专家级知识服务
打 开
手机知网|搜索

鸟类线粒体假基因研究

刘泽

  线粒体DNA一直是研究鸟类进化的理想分子标记,但对于鸟类核基因组中的线粒体假基因研究却很少。核基因组中的线粒体假基因(nuclear mitochondrial DNA segment,简称numt序列)于20世纪60年代被发现直到90年代初才开始受到重视,目前在植物、昆虫和哺乳动物中研究较为广泛,但关于鸟类核基因组中的numt序列研究还十分有限。传统观点认为numt序列更易用通用引物从总DNA摸板中扩增出来,通过对GenBank上登录为鸟类cytb基因的序列进行初步检测,发现了5条没有被识别的cytb假基因,进一步验证了传统观点。此外,本研究提出一种新的识别numt序列的有效方法——利用基因功能位点识别numt序列。根据2004年3月GenBank登录的红原鸡核基因组草图与其线粒体基因组比对发现红原鸡核基因组中存在3段较长的线粒体假基因,利用PCR方法扩增鸡形目10种鸟类和雁形目中鸳鸯核基因组中3段numt序列:cyt b numt、ATP8及下游ATP6 numt和ND4+tRNA-His+tRNA-Ser numt,测序后分别比较线粒体基因与核同源numt序列的进化特点和进化速率,确定numt序列插入核基因组的时间,以及结合GenBank已登录的日本鹌鹑(Coturnix japonica)、蓝胸鹑(Coturnix chinensis)、黑鹇(Lophura leucomelana)、蓝鹇(Lophura swinhoii)和1个雁形目物种——白鹅雁(A.albifrons)相应序列探讨两种同源序列对于鸟类系统进化发育重建的重要作用。Numt序列相比线粒体基因其碱基替换速率明显很低,在鸡形目中,线粒体cytb基因和ND4基因其进化速率为假基因的2.5倍左右;而ATP8+ATP6基因其进化速率为numt序列的18.9倍;cytb numt序列和ATP8及ATP6 numt序列的进化速率也不相同,前者大约为后者的4倍。线粒体编码蛋白基因在进化中受选择压力的影响,碱基替换主要发生在密码子第三位点,但Numt序列不同,各密码子发生替换的次数几乎相同。而且,numt……   
[关键词]:线粒体基因(mtDNA);假基因;numt序列;系统发育
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:辽宁师范大学2005年