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败血症常见致病菌的临床快速诊断芯片的初步构建

康素明

  研究背景及目的败血症是危及生命的全身性感染性疾病,可由单种细菌或复数菌引起,部分病例可有感染性休克和迁徙性病灶。细菌培养、组织学、免疫学方法以及聚合酶链反应等均曾广泛应用于致病菌的检测,但这些方法都存在不足之处。目前临床多采用全自动细菌培养仪进行细菌鉴定,但是该方法耗时长,且容易出现假阳性或假阴性,对于流感嗜血杆菌或厌氧菌等苛养菌则无法检测。基因芯片技术是一种高效敏感的检测基因方法,是生命科学研究方法上的革命。随着新基因的不断克隆和人类基因组计划的完成,可以认为基因芯片技术一定会像计算机芯片那样不断地扩大容量、升级换代,在医药及生命科学研究中得到广泛应用。本研究根据基因芯片的技术原理,利用基因序列对比以及进化树分析方法,设计针对不同细菌的聚合酶链反应通用引物和某些细菌的检测探针。目的是构建败血症常见致病菌的诊断芯片,用于临床快速细菌检测。材料与方法1.细菌DNA的提取 采用酚/氯仿/异戊醇法,提取细菌DNA。2.样本靶序列的聚合酶链反应扩增 根据细菌的高度保守区16SrRNA区域设计一对通用引物,并在正义链引物的5’端作Cy5标记,以标记单链为优势链,进行不对称扩增。3.寡核苷酸探针的设计 根据PCR扩增DNA的测序结果,采用Blast以及ClustalW软件进行序列对比分析和细菌的16S rRNA区域的进化树构建,并根据结果设计一组针对17种细菌的寡核苷酸探针。在各探针5’端进行氨基修饰。以pH=9,0.1moL/L的碳酸盐缓冲液溶解冷冻干燥的探针……   
[关键词]:败血症;致病菌;基因芯片;进化树;诊断
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:中国医科大学2005年