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中国牦牛线粒体DNA多态性及遗传分化研究

王玲

  本试验测定了中国5个牦牛品种34个个体的线粒体D-loop全序列,长度为891bp~895bp,有55个变异位点,24种单倍型,核苷酸多样度和群体单倍型多样度分别为1.315%、0.9697。变异位点有转换、颠换、插入/缺失四种类型,其中转换的频率明显高于颠换。D-loop全序列每个位点突变率并不相同,在131~500bp、701~751bp间存在突变热点,为D-loop的两个高变区。牦牛D-loop碱基G+C(39%)含量小于A+T含量(61%),表现出碱基的偏倚性。牦牛各品种核苷酸分歧度Dxy为0.480%~2.106%,净遗传距离Da为-0.094%~0.809%,麦洼牦牛与其它牦牛群体的Dxy、Da值较高,牦牛单倍型间的平均距离为0.014。麦洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之间有较高程度的遗传差异。九龙牦牛与其它牦牛间基因流较大(Nm=3.40~1.58),麦洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之间基因交流(Nm=0.46~0.52)的程度相当小,遗传漂变是它们之间遗传分化的主要因素。整个来说,我国牦牛多态性丰富,遗传分化明显。本试验的牦牛序列经Tajima′s D中性检验不显著(P>0.10),符合中性突变。根据牦牛各品种线粒体D-loop的一致序列构建的NJ树,九龙牦牛和犏牛之间的遗传距离为0,因而聚在一支上,而麦洼牦牛和其它4个牦牛品种(类群)间的亲缘关系相对较远。用本试验中的牦牛单倍型和GenBank中序列结合起来构建的单倍型NJ树,所有序列分成4大支,即聚类簇Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ,本次研究的牦牛序列全部分散在聚类簇Ⅰ。从NJ树中可以看出牦牛和野牛亲缘关系较近,而和普通牛、瘤牛关系较远。根据聚类簇Ⅰ中牦牛的24种单倍型间的碱基差异构建的网络关系图可以看出,牦牛的单倍型明显分为两支,和单倍型的NJ树得出一致的结论,表明我国牦牛可能存在两个驯化地点。……   
[关键词]:牦牛;线粒体DNA;D-loop;多态性;遗传分化;基因流
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:四川农业大学2004年