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双分子遗传标记与新扬州鸡早期生长关系的联合分析

戴国俊

  本研究以我院培育的蛋、肉兼用型新扬州鸡为试验材料,系统研究OPAY02型和EAV/DNA指纹条带J型分子遗传标记对新扬州鸡早期生产性能的影响,为新扬州鸡早期生长标记辅助选择提供有效的遗传标记。试验共测定了不同饲养环境下两个连续世代(群体2和群体3)和一个独立世代(群体1)新扬州鸡群体早期生长、屠宰性能。利用新扬州鸡三个世代中的两个世代(群体1和群体3)资料,研究分析了新扬州鸡早期生长规律,以不同的饲养环境为单元,应用单元内全同胞组内相关法和混合模型约束极大似然估计统计分析法(REML)估计了新扬州鸡早期体重的遗传力;以两个不同世代(群体2和群体3)为研究对象,在优化PCR反应条件基础上,将OPAY02随机引物扩增的1660和2326两条多态性条带克隆、测序,并将其转换成稳定的SCAR标记,分析OPAY02 RAPD标记的稳定性,进而用广义线性模型(GLM)研究两条多态性条带各自以及它们的不同组合型标记对新扬州鸡早期生长和屠宰性能的影响;用生物信息学手段对OPAY02两个测序条带进行网上核苷酸数据库序列比对搜索,分析了两片段序列在鸡染色体基因组中的位置;用新扬州鸡群体2和GLM,单独研究了EAV/DNA指纹条带J型分子遗传标记对新扬州鸡早期生长的影响,联合研究了OPAY02型和EAV/DNA指纹条带J型分子遗传标记不同组合对新扬州鸡早期生长的影响,利用原位杂交技术将OPAY02型标记定位在染色体上。研究结果如下:1、新扬州鸡(群体3)12周龄平均体重可达1154.47克,具有较高的早期生长速度,可以用于早期肉用商品仔鸡生产。Gompertz、Logistic、Bertalanffy生长曲线模型拟合新扬州鸡生长过程,拟合度高,R~2均超过了0.99,但综合分析表明Gompertz曲线拟合最为合适,Bertalanffy曲线拟合效果最不理想,特别是成熟体重与实际情况不符。综合评价模型拟合参数表明,新扬州鸡早期生长间于肉用仔鸡和地方品种,在兼用型培育品种中也较为优秀。新扬州鸡体重生长过程和体尺生长过程比较表明体重生长旺盛期比体尺生长要迟。2、首次应用单元内全同胞组内相关法,混合模型约束最大似然估计法(REML)估计的新扬州鸡0、2、4、6、8周龄体重性状的遗传力,除初生重外,其值在0.3-0.4之间,属中等遗传力,适合与体重关联的分子遗传标记的检出,同时也有利于分子标记辅助选择。3、PCR条件优化后,OPAY02随机引物RAPD扩增的两条多态性条带2326和1660电泳结果和条带经克隆、测序后转化成SCAR标记的分析结果差异极小。说明经条件优化的RAPD-PCR稳定可靠,两种方法均可以用作遗传分析。另外实际测序分析DNA的分子量大小和琼脂糖扩增结果间有一定差异。用分子量标记计算得到的扩增条带的分子量只能作为参考。生物信息学分析表明2326条带与鸡基因组数据库中的3号染色体8982~1 1 550核营酸有99%的同源性,而1660条带在鸡基因组数据库中没有搜索到同源序列。4、统计分析结果表明,新扬州鸡群无论是群体2还是群体3,2326条带的单独效应均表现为增效效应,1 660条带表现为减效效应。前者表现为有该条条带的群体体重比没有的要高,后者正好与其相反。新扬州鸡两个不同群体ORAY02两个多态性条带分子遗传标记联合分析结果表明,两条多态性条带间存在互作,C型标记无论是对早期体重还是12周龄主要屠宰性能均有显著的增效效应。5、试验用Dig标记的EAV为探针,EcoRI酶切新扬州鸡基因组DNA,经Southem杂交,首次在新扬州鸡群体水平上获得了EAV心NA指纹图,试验结果表明,高质量的DNA指纹图谱主要受两个因素的制约,即未标记探针的纯度直接影响随机引物法标记探针的质量:基因组DNA的抽提质量和酶切质量影响指纹图谱的获得。和前人不同群体研究的结果比较发现E八V刃NA指纹图谱中条带J的出现频率具有群体特异性,生长速度快的群体其频率低,生长速度慢的群体频率高,一定程度上证明了对J带选择是有效的。6、首次在新扬州鸡群体研究EAVIDNA指纹条带J的效应及其与OPAY02型标记的相互作用,广义线性模型分析结果表明,条带J和OPAY02引物1660条带一样,其单独对早期增重的影响具有显著的减效效应,即有J条带的个体组成的群体相同日龄体重小于无J带的群体。广义线性模型分析J带和OpAY02型标记联合分析表明,J带和OPAY02型标记的两条多态性条带的不同组合其早期增重有显著差异,而且这种效应具有长的时效性。在JSZsl组合分子标记中,J一52+S1一组合群体具有提高体重生长的作用;在Jsl组合分子标记中J一51一的效应最大,极显著地大于其它3个组合;在JS:的3个组合分子标记中J一52+的效应最大,显著大于其它2个组合,虽然J一52+在JS:组合分子标记中效应最大,但不及前两者。J一52+s,一和J一51一组合分子标记的作用相同,而且两者的群体平均水平相当;与各标记单独效应比较各时期组合标记的效应大于单个标记的效应。所以选择J一51一较为经济。7、利用本实验建立的方法可以得到较为清晰的染色体原位杂交图谱。以O砂汀02型标记两条多态性条带为探针,新扬州鸡染色体原位杂交结果把1 660片段的DNA初步定位在5号染色体的长臂近端位置。将2326片段的 DNA定位在3号染色体的长臂近中……   
[关键词]:新扬州鸡;早期生长性能;生物信息学;OPAY02型SCAR标记;DAN指纹标记;标记辅助选择;原位杂交
[文献类型]:博士论文
[文献出处]:扬州大学2004年