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鸡的色素相关基因TYR5’调控区和Agrp的SSCP研究

陈志强

  黑色素性状是在育种中经常应用的非常重要的性状。本研究以鸡的酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)基因和野灰相关蛋白(agouti-related protein,Agrp))基因为拟影响鸡色素沉积性状的候选基因,选用中国农大资源家系(明星肉鸡和丝毛乌骨鸡杂交产生)F2代群体鸡作为分析TYR基因和Agrp基因的实验材料。利用单链核苷酸构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)方法对鸡的酪氨酸酶基因和野灰相关蛋白基因进行单孩苷酸多态性的检测与分析,探讨其作为黑色素沉积性状的候选基因,对鸡的黑色素性状影响的可能性。本研究首先用PCR-SSCP方法对鸡酪氨酸酶基因的5′-调控区部分序列进行SSCP检测与分析,发现该基因5′-调控区—949到—2125bp区域内有4个SNPs,对表现多态的纯合的个体进行了测序鉴定,发现一个突变在TYR基因的-2023处为A→G突变;一个存在于转录起始位点上游1903处的T→C突变,另外两个是-1392和-1390处A→G和G→C的突变。用卡方独立性检验分析TYR基因5’调控区不同基因型与一个F2代群体屠体性状的关系。发现引物primerl、primer2和primer4的基因型与部分的黑色素沉积性状呈现不同的相关性。本文还利用同样方法检测并分析了野灰相关蛋白(Agrp))基因序列包括5’-非翻译区、编码序列和部分3′端非翻译区序列进行了检测,发现有4个SNPs位点。其中第1个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNP)位于Agrp基因序列转录起始位点上游241bp的G→A转换。对该位点的多态性与黑色素沉积性状进行了卡方检验,发现突变基因型与肉色的相关性极显著(P<0.01)和骨膜色的相关性显著(P<0.05)。第2个SNP位于Agrp序列转录起始位点上游73bp位的核苷酸A→G转换,这个突变经过转录因子结合位点的预测,结果显示这个SNP位点没有引起可以预测到的转录因子结合位点的变化。利用卡方独立性检验对agouti基因的多态性位点所产生的不同基因型与黑色素性状的关系进行分析的结果显示,这个突变位点是与骨膜色显著相关(P<0.05),与肌胃膜色的相关性极显著(P<0.01)。第3个SNP位于agouti基因编码区序列310位点的T→C转换,这个SNP引起由丝氨酸(S)到脯氨酸(P)的氨基酸变化,为错义突变。经过统计分析,这个突变与肌胃膜色是显著相关的(P<0.05)。第4个SNP位于agouti基因编码区序列480位的核苷酸C→T转换,这个SNP没有引起氨基酸的变化。利用卡方独立性检验对agouti基因的多态性位点所产生的不同基因型与色素沉积性状的关系进行分析的结果显示,与骨膜色、皮肤色、肉色和屠体胫色的相关性极显著(<0.01),与肌胃膜色的相关显著(P<0.05)。……   
[关键词]:酪氨酸酶;PCR-SSCP;野灰相关蛋白;;色素沉积
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:中国农业大学2004年