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四种禽类Sox8基因部分cDNA序列的克隆及其PCR-SSCP分析

夏彦玲

  Sox基因家族是一类转录因子家族,它的特征是具有一个保守的基序—HMG-box,它可以与DNA特异性结合,Sox基因在胚胎发育及成年期都起着重要作用。Sox8基因是该家族中一个优质亚族—E亚族中的一个成员,Sox8基因由三个外显子和两个内含子组成,是最近才得到鉴定的基因(Schepers,G.E.,et al.2000)。该基因突变可导致先天性的发育缺陷,但Sox8基因缺陷鼠可正常存活和繁殖,只是体重显著降低,尤其是脂肪含量,可能是由于能量稳态及调控的改变等原因造成的,例如食物利用率降低或能量分配不当等,所以对它的研究在禽类的育种中有重要的理论意义和实际意义。本研究根据GenBank上发表的鸡Sox8基因序列设计引物,采用RT-PCR法克隆测序了鸭、鹧鸪、孔雀和榛鸡的部分cDNA序列,并比较了五种禽类克隆片段的核苷酸和氨基酸的同源性,总体上禽类Sox8基因的同源性较高,核苷酸的的同源性在96%以上,氨基酸的同源性在97%以上,说明Sox8基因在禽类中高度保守。在Sox8基因的编码区设计七对引物,通过PCR-SSCP标记技术对六个地方鸡种的Sox8基因的编码区进行了单核苷酸多态性分析,并对有多态的DNA片段进行了克隆测序,结果在外显子3发现两个突变位点:即786C→T和1350G→A,但两处突变均是沉默突变。经统计分析和计算各种基因型频率及基因频率表明:等位基因A在肉鸡中的频率比在蛋鸡中的频率高。因此,本实验得出趋势性结论:等位基因A的基因频率可能同脂肪性状呈正相关。另一个突变位点的基因频率在肉鸡和蛋鸡中没有发现升高或降低的趋势。……   
[关键词]:RT-PCR;克隆测序;地方鸡种;Sox8基因;PCR-SSCP
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:东北农业大学2003年