手机知网 App
24小时专家级知识服务
打 开
手机知网|搜索

玉米矮花叶病河南标样的全序列分析研究

刘秀峰

  玉米矮花叶病(Maize Dwarf Mosaic disease)是国内外玉米产区分布最广、为害最重的病害之一,常造成严重的经济损失。该病原属于马铃薯Y病毒属(Potyvirus),但根据传统分类标准,其分类地位比较模糊。本研究利用RT-PCR对玉米矮花叶病河南标样(MDMV-HN)的基因组RNA进行了全序列测定,并与Potyvirus于中其它病毒进行了同源性分析。以病毒RNA为模板反转录合成cDNA,利用保守序列设计简并引物,将MDMV-HN基因组分段进行PCR扩增,通过目的片段连接、转化、筛选、测序和序列拼接后获得该分离物的编码区序列。利用快速cDNA末端扩增方法(RACE)获得了该分离物完整的5′-非编码区序列。基因组全序列在GenBank中的登录号为:AF494510。序列分析结果表明:MDMV-HN基因组全序列共9596个核苷酸,5′-和3′-非编码区序列分别为149和255个核苷酸(不包括polyA尾),中间为9192个核苷酸的单一开放阅读框架,编码一个3063个氨基酸的多聚蛋白;该蛋白自身催化裂解为10个多肽,相邻多肽间的切割位点顺次为:Y/A,G/G,E/G,Q/S,Q/G,Q/G,E/S,Q/C和Q/S。利用DNASTAR软件进行同源性分析发现,在已完成基因组全序列的Potyvirus病毒中,MDMV-HN与甘蔗花叶病毒杭州玉米分离物(SCMV-HZ)基因组RNA核苷酸数目完全相同,基因组核苷酸序列和多聚蛋白氨基酸序列的同源性分别为94.2%和98.3%,外壳蛋白(CP)和3’NTR核苷酸的同源性分别高达99.3%和99.2%,10个多肽中两者的氨基酸序列同源性全部大于96%,有的区域达到100%(6K1、6K2、VPG),根据目前采用的马铃薯Y病毒属病毒分类标准,初步鉴定二者属于同一株系。与其它Potyvirus病毒比较发现:MDMV-HN与甘蔗花叶病毒广东甜玉米分离物(SCMV-GD)基因组多聚蛋白氨基酸同源性为91.5%,CP区域核苷酸和氨基酸同源性分别为90.2%和94.3%,二者应属于同种病毒的不同株系;MDMV-HN与SCMV甘蔗来源的临平(SCMV-LP)、象山(SCMV-XgS)、余杭(SCMV-YH)分离物全长多聚蛋白氨基酸序列同源性在90.7%—90.9%,3’NTR核苷酸同源性在88.0%-90.6%,应属于同种病毒不同株系;MDMV-HN与玉米矮花叶病毒保加利亚分离物(MDMV—Bg)的CP氨基酸序列同源性为70.4%,基因组RNA核苷酸序列同源性为69.1%,它们应属于不同的病毒种;MDMV-HN与高梁花叶病毒、约翰逊草花叶病毒的全长基因组核苷酸同源性分别为69.5%和56.2%,切割位点差异较大,它们属于不同的病毒种。……   
[关键词]:玉米矮花叶病毒源;基因组序列测定;同源性分析
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:河北农业大学2002年