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新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析

吴茜

  新吉细毛羊是我国培育成功的第1个超细型细羊毛品种。其主体细度在66~70支(少部分达到80支),毛长8 cm以上,是高档精纺毛织品的理想原料。针对新吉细毛羊的特点,如何保持和继续培育具有更细的细毛羊品种的一个主要方面就是克隆和鉴定一批可能与细毛羊羊毛性状表达相关的基因,然后对这些基因的功能进行研究,进而应用于新吉细毛羊的生产实践。本研究利用生物信息学与分子生物学相结合的方法,克隆和鉴定了一些新基因,取得了如下结果: 1.采用CreaterTM SMARTTM cDNA Library Construction Kit和DSN酶构建了新吉细毛羊皮肤组织的均一化全长cDNA文库。文库质量鉴定的结果表明:文库库容量为1.1×106,重组率为99%,平均插入片段约为1.2kb。 2.对新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的插入片段进行了5’端随机测序,获得了75条可读EST序列,利用DNAstar软件的SeqMan程序对这75条EST序列进行组装,形成了4条Contigs和67个Singletons。其中10个为已知基因,剩余61个为未知基因。对61条未知新EST序列的全长cDNA标注结果表明有6条包含完整基因,6条包含完整CDS。 3.对非含完整基因或CDS的49条新EST序列进行了电子延伸,其中25条得到有效延长。这25条Super contigs的全长cDNA鉴定结果表明,可能包含完整基因的SC序列共有3条,而可能包含完整CDS的SC序列共有4条。 4.对经全长cDNA鉴定可能包含完整基因的9条ESTs的核酸序列进行了基本性质、电子表达谱等分析;对可能包含完整基因和完全CDS的19条ESTs进行了编码区的翻译蛋白质序列的基本性质、结构和功能分析。分析结果表明,这19条ESTs序列都或多或少含有一些重要的功能位点和功能结构域。……   
[关键词]:新吉细毛羊;均一化;全长cDNA文库;ESTs分析
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:新疆农业大学2010年
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