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鲟形目部分种类基于线粒体COⅠ基因的分子进化研究

胡佳

   鲟形目(Acipenseriformes)是硬骨鱼纲中唯一现存的大型软骨硬鳞鱼类。它具有的古老地位和复杂的生物学特点,使探讨其进化和分类成为一直以来的研究热点。我们通过测定15种鲟形目鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列(其中7种序列来源于GenBank,另外8种序列为直接测序所得),分析该序列的分子进化特点,并以此构建这15种鲟形目鱼类的系统发育树。主要研究结果归纳如下: 1.经过比对后的15条序列长度为681bp,有保守位点507个,变异位点174个,简约信息位点120个。所有序列没有观察到碱基的缺失或插入。鸟嘌呤核苷酸(G)的平均含量明显低于其余三种核苷酸的平均含量,即序列表现出明显的碱基组成偏向性。 2.密码子第一位碱基的转换和颠换Ts/Tv的比率为23.1,密码子第三位碱基的Ts/Tv为6.0,密码子第二位点未观测到任何变异。在氨基酸序列的组成上,同样表现出了明显的密码子使用偏倚性。由Kimura s two-parameter模型得到的成对序列之间的遗传距离K在0.0074到0.1576之间,鲟科(Acipenseridae)和白鲟科(Polyodontidae)的平均遗传距离为0.1408。转换和颠换的数目与遗传距离呈良好的线性关系,表明序列进化未达到饱和。 3.非同义替代的速率远远小于同义替代,其速率比(dN/ds)全部小于1,平均速率比为0.0221,其中dN=0.0095±0.0025,ds=0.4306±0.0379。中性检验的结果均小于1,P>0.1,表明mtCO I序列的进化历程偏离了中性模式,但未达到统计学上的显著水平,负选择(净化选择)是该段基因进化的主要的驱动力。 4.相对速率检验的结果显示,除闪光鲟(Acipenser stellatus)的进化速率稍有不协调外,其他鲟鱼的进化速率保持基本一致。说明分子钟假设在鲟形目的mtCO I基因中应该是成立的,根据鲟科和白鲟科的平均遗传距离和分歧时间,应用分子钟公式V=K/2T估算mtCO I基因的进化速率为0.048-0.062替换率/位点/亿年。 5.根据构建的15种鲟形目鱼类的系统发育关系和计算得到的物种之间的遗传差异,提示鲟属鱼类是否可以再细分有待进一步研究。……   
[关键词]:鲟形目;mtCOⅠ;分子进化;分子钟;进化速率;系统发育
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:华中农业大学2010年