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应用sRNA测序技术检测河南省葫芦科作物病毒病的发生

彭斌;古勤生

  2017年7月对河南省开封市龙亭区、滑县、通许县、新乡平原新区和获嘉县等5个区县,10个地块采集了44份西瓜,20份甜瓜、14份南瓜和6份葫芦共84份疑似葫芦科作物病毒病样品。分别提取总RNA,根据不同寄主、症状和采集地点,2-3个样品RNA混合成1个RNA混合样,由47个样品混合获得20个RNA混合样,交付北京百迈客生物技术公司进行s RNA建库测序。从测序平台上获得20个约10M左右的s RNA原始数据,通过去除接头和低质量的数量,应用Virusdetect软件分别对20个s RNA数据进行病毒检测,结果共检测到9种病毒,分别是小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow msoaic virus,ZYMV),西瓜花叶病毒(watermelon msoaic virus,WMV),黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV),南瓜蚜虫传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV),甜瓜蚜虫传黄化病毒(melon aphid-borne yellows virus,MABYV),甜瓜坏死斑点病毒(melon necrotic spot virus,MNSV),西瓜潜隐病毒(Citrullus lanatus cryptic virus,CLCV),小西葫芦虎纹花叶病毒(zucchini tiger mosaic virus,ZTMV)和番木瓜畸形花叶病毒(papaya leaf distortion mosaic virus,PLDMV)。根据s RNA测序检测结果,设计特异性引物,分别对采集所有样品不同病毒进行RT-PCR确认。sRNA测序病毒检测结果和RT-PCR结果基本一致。84份样品中分别检测出44份ZYMV、33分WMV、12分CMV、21份CABYV、13份MABYV、6份MNSV、5份CLCV、5份ZTMV和1份PLDMV。84分样品中病毒复合侵染样本数41分,复合侵染率为48.8%,其中最高有5种不同病毒复合侵染1份样品。PLDMV首次被报道侵染南瓜,ZTMV在河南省葫芦科作物被首次报道。……