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猪戊型肝炎病毒新疆分离株全基因序列的分析

马勋;陆承平

  设计18对 PCR 引物分片段扩增猪戊型肝炎病毒新疆分离株 swCH25全基因,对两末端采用末端快速扩增方法(RACE)进行扩增,扩增产物克隆到 pMD18-T 载体并测序。用 DNASTAR 软件进行序列同源性分析,PHYLIP 软件绘制基因进化树,在全基因序列的基础上比较猪 HEV 与其他 HEV 基因型的差异和人源 HEV 的关系。结果显示 swCH25全序列除去3’poly(A)尾,由7243个核苷酸组成,ORF 1~3分别编码含1707、674和114个氨基酸的蛋白质。全基因序列与 HEV Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型同源性73.5%~75.7%,与Ⅳ型的同源性为83.5%~89.8%,其中与Ⅳ型中国人源 T1株最高,达B9.8%。ORF1与Ⅰ~Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为71.6%~74%和82.3%~89.4%,氨基酸同源性为80.7%~86.1%和94.3%~96.0%;ORF2与Ⅰ~Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为78.4%~81.3%和87.1%~ 90.9%,氨基酸同源性为89.7%~93.8%和97.2%~98.2%;ORF3与Ⅰ~Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为84.4%~87.3%和95.4%~96.8%,氟基酸同源性为74.8%~83.2%和93.8%~97.4%,基因进化树显示 swCH25与基因Ⅳ型人源 T1株最接近,在同一分支上。swCH25株是国内第一个测出全基因序列的猪戊型肝炎病毒。……   
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