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Affymetrix基因芯片原始数据噪声分析与应用

金圣华;刘学军;张礼

  基于杂交原理的生物芯片技术由于实验中非特异性杂交的存在,导致实验数据包含较高的噪音。本文针对目前广泛使用的AffymetrixGeneChip基因芯片,通过对原始数据进行分析研究,得到探针中间三个核苷酸序列和MM/PM探针灰度比值的对应关系,将该对应关系嵌入到基因表达水平的计算中,以改进原有的一个先进的计算基因表达水平的概率模型mmgMOS。通过在标准的spike-in数据集和一个真实的老鼠胚胎数据集上的测试证明,改进的模型提高了基因表达水平计算的精度和效率,降低了非特异性杂交引起的噪音影响。……   
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