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用生物信息学方法确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域

万祥辉;曾照芳;杨细媚

  从Genbank中筛选出15条对各成熟肽区域有注释来源于不同国家地区的丙型肝炎病毒全基因组序列,分别对5′UTR区,core区,E1区,E2区及NS5B区建系统进化树。结果发现以5′UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异。计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较。结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系。用生物信息学方法,比较丙型肝炎病毒的5个常用的基因分型区域,确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域。……   
[关键词]:丙型肝炎病毒;基因型;NS5B;蛋白;生物信息学
[文献类型]:期刊
[文献出处]: 《生物技术通报2008年03期
[格式]:PDF原版; EPUB自适应版(需下载客户端)