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食管癌相关功能未知基因的电子克隆延伸与ncRNA的发现

吴炳礼;许丽艳;应晓敏;牛永东;李伍举;李恩民

  背景与目的:运用电子克隆等生物信息学方法研究筛查出的48个与食管癌相关功能未知的DNA序列片段,为食管癌相关研究提供指导。材料与方法:以48个DNA序列片段为核心,运用BioEdit建立本地数据库;通过电子克隆的方法对48个DNA序列中功能未知的基因片段进行序列延伸;通过BLAST同源分析搜索48个基因的内含子以及上下游基因间隔区中存在的非编码RNA(noncodingRNA,ncRNA)。结果:48个DNA序列中功能未知的基因片段通过电子克隆的方法平均能够延伸190bp以上;在48个基因的内含子以及上下游基因间隔区存在着与已知ncRNA相似性很高的片段。结论:运用电子克隆的方法可以使某些食管癌相关功能未知基因的序列得以明显延伸;一些食管癌相关基因所在的染色体区段存在着某些与ncRNA高度相似的片段,这提示我们,ncRNA可能参与食管癌的发生过程,其具体功能有待深入研究。……   
[关键词]:生物信息学;序列分析;非编码RNA;电子克隆
[文献类型]:期刊
[文献出处]: 《癌变.畸变.突变2008年02期
[格式]:PDF原版; EPUB自适应版(需下载客户端)