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人乳头瘤病毒基因分型芯片的研究

郭洁

   人乳头瘤病毒(Human Papillomavirus,HPV)是一种常见的嗜上皮的病毒,可以感染皮肤、口腔、喉咙、性器官等部位。该病毒存在200多种型别,其中HPV-16、HPV-18型是宫颈癌的致病因素之一。 本芯片采用了点阵的方式进行点样,选用了与癌症有关的13种高危型和2种与尖锐湿疣有关的低危型的HPV的型特异探针。6pM是芯片点样的最佳浓度。探针经点样机点样,干燥,紫外交联仪交联后,方可使用。芯片的杂交实验是在提取HPV DNA后,使用小片段扩增引物(Small PCR Frame, SPF)扩增阳性标本中L1基因中的型特异性的小片段,由SPF扩增产物与芯片进行杂交实验后,由相应探针的显色系统确定阳性标本所感染的HPV的具体型别。这就是芯片的检测系统。 对于芯片准确性的验证,先将HPV L1基因进行克隆,使用Clustal X、Blast等生物信息学方法对克隆子的测序结果与Genbank中各型别的HPV L1基因的序列相比对,当两者匹配率达到90%以上时,证明该克隆子即为某一型别的克隆,进而可以得出该标本所感染的HPV的具体型别。再把该标本利用芯片杂交后得出的结论与测序得出的结论相比对,两者无显著性差异(P>0.05). 本实验建立了通用引物PCR法筛查HPV的方法,并使用该方法进行了HPV流行病学筛查。发现20-40岁之间的三个年龄组检出率之间无显著性差异(P>0.05)。女性比男性更易感染HPV。男女性常见的生殖道疾病中均可检测出HPV,是否这些疾病都与HPV有关,还需进一步进行研究。除此以外本实验还建立了HPV基因分型芯片的检测方法,并且使用基因测序的方法验证基因杂交结果的可靠性。本实验证明使用两种方法的检出率间无显著性差(P>0.05)。基因芯片检测的敏感性和特异性均达到临床推广的标准,可以用于临床检验。……   
[关键词]:人乳头瘤病毒;基因芯片法;通用引物扩增
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:华南热带农业大学2007年