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细胞信号转导的复杂网络分析和灯盏花素注射液HPLC指纹图谱相似性评价

冯子男

   本文第一部分主要是运用化学计量学方法对通过Internet采集到的数据进行整合,对细胞信号转导系统中发挥主导功能的蛋白质进行了聚类分析并讨论他们之间的相互关系,最后还尝试将结果进行可视化处理。 现代生物学面临的一个重大挑战就是如何系统的描述一个活细胞内的所有分子和分子相互作用。细胞中有许多生物反应通路,比如物质代谢通路、基因表达通路、DNA复制通路、信号转导通路等等,其中最复杂的就是信号转导通路。信号转导通路是非线性排列的,许多信号转导通路可以通过一系列的蛋白质与蛋白质相互作用形成一个网络。京都基因和基因组百科全书Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)提供了14条细胞信号转导通路的途径图,其中12幅具有蛋白质相应的Entry号,本文将这12幅图转换为邻接矩阵,再利用矩阵运算将这些邻接矩阵合并成一个总的邻接矩阵,得到共有933个节点,6825条边的细胞信号网络总图。通过计算此网络总图静态几何量,发现该网络系具幂律形式的度分布、遵循BA模型的无尺度网络(Scale Free Network),其核心节点正是信号转导途径中最为活跃的几种蛋白质。通过广度优先搜索算法得到距离矩阵进行系统聚类同样可以看到,多数蛋白质围绕几种核心蛋白质按照功能关系聚集成团,结果与先验知识较为吻合。 本文第二部分主要是利用HPLC指纹图谱相似性评价对灯盏花素注射液进行中药质量评价,并采用系统聚类方法进一步研究样品之间的关系。……   
[关键词]:细胞信号转导;复杂网络;指纹图谱;相似度计算;质量评价
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:四川大学2006年