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猪RAPD及其H-FABP基因PCR-RFLP的分子标记研究

庞卫军

  本研究以杜洛克猪、大白猪、长白猪、内江猪、八眉猪、汉江黑猪、荣昌猪、汉中白猪计8个品种和野猪共265头个体基因组DNA为实验材料,通过RAPD分子标记分析8个猪种及野猪的亲缘关系;再利用PCR-RFLP技术分析猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的5`-上游区域和第二内含子区域的遗传多态性,为研究H-FABP不同基因型与肌内脂肪含量(IMF)的关系,进而为研究影响IMF沉积的主效基因奠定基础。首先,用20个10碱基的随机引物对265份样品进行RAPD分析,结果3个引物的扩增产物表现为多态,6个引物的扩增产物表现为单态,扩增产物的电泳条带数在1~11条之间,平均4.1条。研究结果表明:1.八眉猪、汉江黑猪、内江猪两两间的亲缘关系分别为0.9565、0.9167和0.9375;长白、大白和杜洛克猪两两间的亲缘关系分别为0.9800、0.9574和0.9362其中长白与大白猪的亲缘关系最近;荣昌猪与汉江白猪间的亲缘关系为0.9020;而野猪与长白猪的亲缘关系最远为0.7000。2.聚类分析表明,3个引入品种中,长白和大白首先聚为一类,再与杜洛克聚为一类;3个地方品种中,八眉猪和汉江黑猪先聚为一类,后与内江猪聚为一类;荣昌猪与汉江白猪单独聚为一类,再与地方品种聚为一类;而野猪则是先与中国猪种聚为一类,再与引入品种最后聚在一起。其次,利用PCR-RFLP技术检测了265头个体基因组DNA H-FABP基因5`-上游区和第二内含子内的遗传多态性,结果表明:1.5`-上游区的HinfI-RFLP(1)不同猪种和野猪在HinfI酶切位点均存在多态性,等位基因H在杜洛克猪、大白猪、长白猪、内江猪、八眉猪、汉江黑猪、荣昌猪、汉中白猪及野猪中的频率分别为0.7500、0.7188、0.9167、0.3333、0.1250、0.6090、0.1167、0.8500和0.9075。其中,大白猪、汉中白猪和野猪,杜洛克、长白猪和荣昌猪,八眉猪和汉江黑猪间的厅HinfI-RFLP的基因型分布相似(P>0.05),不同类型间基因型分布差异极显著(P<0.01)。(2)经X~2检验,在HinfI-RFLP位点上,汉江黑猪(P<0.05)和野猪(P<0.01)基因频率和基因型频率处于不平衡状态,其余的猪种基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。(3)在挤叻一RFLP中,大白猪、八眉猪、汉江黑猪、汉白猪和野猪表现为低度多态(Plc<0.25),而其它猪种为中度多态(0 .25<PIC<0.5)。2.猪H一FABP基因第二内含子乃公eln一RFLP(1)我国地方品种内江猪、八眉猪、荣昌猪和汉江黑猪在该位点无多态性,全表现为DD型,而3个引入品种和培育品种及野猪存在多态性切点,其基因频率分别为0.6167、0.3281、0.333、0.6000和0.1250。长白与大白猪,杜洛克与汉中白猪,3个地方品种的HaeIH一RFLP基因型分布相似(P>0.05),而类型间基因型分布差异极显著(尸<0.01)。(2)8个猪种和野猪在月乙eln.RFLP中,基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。(3)在Haeln一RFCP中,除4个地方品种和野猪表现为低度多态外(PIC<0.25),其余均为中度多态性(0.25<PIC<0.5).3.猪H一FABP基因第二内含子的人办尹I一RFLP(1)4个地方品种在该位点表现为单态,全为AA型,杜洛克、长白、大白、汉中白猪和野猪的A基因频率分别为0.4333、0.9219、0.8667、0.6333和0.8750。其中长白、大白和野猪的基因型分布相似(P>O.05),不同类型间基因频率和基因型频率差异极显著(尸<0.01)。(2)在人‘尹I一RFLP,除杜洛克(P<0.OI)外,其它猪种和野猪基因频率和基因型频率均处Hardy一Weinberg平衡状态。(3)在五办岁1一RFLP中,长白、大白、4个地方品种和野猪表现低度多态性(PIC<0.25),其余为中度多态性(0.25<P IC<0.5)。……   
[关键词]:RAPD;H-FABP;PCR-RFLP;分子标记;遗传距离;遗传变异
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:西北农林科技大学2003年