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中国对虾表达序列标签(ESTs)数据的分析及管理

沈瑶青

  本文运用生物信息学的方法,分析及管理由雌性成年中国对虾头胸部cDNA文库经部分测序产生的10446条ESTs。 这些ESTs由软件拼接产生1399条contig和1421条singleton。为了方便相似性比对,在由四台PC机并行组成的机群(PC-CLUSTER)上将BLAST程序和InterProScan程序本地化,并且将contig和ESTs序列文件做成BLAST程序中的序列库文件以供搜索。在中国对虾ESTs中找到了大量可能与免疫相关的基因序列,包括可能编码溶菌酶、抗菌肽、凝集素、丝氨酸蛋白酶及其抑制剂、硫氧还蛋白的序列以及与细胞凋亡和肿瘤相关的基因等。在仔细分析了它们在免疫系统中的重要性和在对虾中出现的可能性之后,从中选出了17条可能编码抗菌肽,溶菌酶,凝集素、丝氨酸蛋白酶及其抑制剂,抗冻蛋白等蛋白质的序列,以此为依据设计引物,在中国对虾的血液和头胸部cDNA文库中扩增相应的序列。将得到的产物测序,结果有7种扩增产物与预期的序列一致。可以确定它们真实存在于中国对虾中,并可以作为RACE引物设计的根据。为了有效的管理这些数据和分析结果,使用微软的数据库管理系统MS SQL Server 建立了关系数据库来存储和组织这些信息。原始的序列文件和联配结果经过规范化整理之后以二维表格的形式导入MS SQL Server, 作为数据库的组成部分。将数据库所在的计算机作为服务器。数据库可以通过MS SQL Server 访问,同时利用ASP技术构建了网页以便远程访问数据库。……   
[关键词]:中国对虾;ESTs;生物信息学;免疫;数据库
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:中国科学院研究生院(海洋研究所)2003年