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杂交稻指纹图谱构建及新型分子标记开发研究

夏红爱

  用189对微卫星引物对两优培九亲本材料93-11及培矮64S进行差异筛选,初步获得多态性标记25对,其引物的多态性频率为13%。根据实际需要,选取6对引物在已经推广的13个杂交稻品种中进行多态性分析,分别构建了13个品种的指纹图谱,利用这6对微卫星引物基本上可将13个品种区分开。利用杂交稻基因组序列信息,结合国际公共数据库中公布的有关水稻数据,利用自编软件SNP_CROSS.PL分别在不同材料93-11、广陆矮、培矮64S、日本晴的叶绿体基因组和核基因组序列间寻找新型遗传标记(SNPs和InDels),并对部分多态性位点设计PCR引物进行了验证。具体结果是:1.对93-11、培矮64S、日本晴三个水稻叶绿体基因组序列比较发现,其差异较小:InDels的变化长度从2bp~69bp不等,SNPs在93-11/培矮64S、培矮64S/日本晴、93-11/日本晴之间分别为57、152和201个。对这些差异分别进行了初步分析。2.对广陆矮(GLA)与“日本睛”基因组之间的多态性研究发现籼粳亚种在基因组水平的差异主要是由于重复序列(大多为转座子)在基因组中的插入或缺失引起。3.用培矮64S(PA64S)115万条Reads序列与日本晴第一染色体(约50.8 Mb)比较,找到了SNPs 56979个。4.用1万个培矮64S(PA64S)与93-11部分基因组Contig(约409Mb)比较得出SNPs4196个,InDels2956个,并对整个基因组的多态性情况进行了估计。,5.针对93习 叶绿体基困组的69hP的缺失、32hP的插入,分别设计了2对引物在不同釉、粳稻材料中进行了生物学验证,结果证明了该多态性在釉、粳亚种叶绿体基因组中是真实存在的。同时也论证利用序列比较寻找基因组多态性位点的方法是可行的。……   
[关键词]:rice;finger printing map;SNPs;InDels
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:四川农业大学2002年