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黄河流域泥鳅遗传多样性初步研究

董芳娟

  本研究采用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(COI)、16S rRNA基因和12S rRNA基因分析方法,对我国黄河流域山西临汾(LF)、河南新乡(XX)和山东济南(JN)三个泥鳅群体的遗传多样性和遗传结构进行了初步的探讨,主要研究结果如下: 1.基于线粒体COI基因对三个泥鳅群体的遗传多样性和种群结构进行了研究。PCR产物纯化后与T载体连接,之后克隆、测序,经过比对后得到668bp的COI同源片段,29个样品的线粒体COI基因片段共检测到71个变异位点,15个单倍型,T、C、A、G碱基平均含量分别为32.5%、26.5%、22.8%和18.2%。总群体单倍型多样性指数(H)0.892,核苷酸多样性指数(Pi)0.01464,平均核苷酸差异数(K)9.749;总群体平均遗传距离0.016,群体内的遗传距离为0.003-0.038,群体间的遗传距离为0.004-0.024,临汾群体的种间种内距离为0.23-0.38,达到了种的分化水平。群体之间分化系数(Fst)在0.12303-0.14197之间,基因流Nm均大于1小于4,达到了中度分化水平;分子方差(AMOVA)(Fst=0.13146,p<0.01)表明遗传变异主要来自群体内部,群体间有了明显的遗传分化;UPMGA聚类分子系统树和单倍型网络关系图没有表现出地理区域性。另外还检测到Hap-11和Hap-13与其他单倍型之间(Fst=0.96110,p<0.01)可能达到了种的分化。Fu’Fst检验统计值介于-2.48514-3.82651,除了新乡群体显著(p<0.05),其他群体均不显著(p>0.1);Tajima s D检验统计值为-1.53425-0.14201,统计检验P均值为不显著(p>0.05)符合中性突变。 2.基于16S rRNA基因的多样性分析:30个样本的16S rRNA基因片段进行PCR扩增和测定后,得到长度为509bp的同源序列。共检测到16个变异位点,16个单倍型,T、C、A、G碱基平均含量为23.4%、22.9%、31.4%和22.3%;总群体单倍型多样性指数(H)0.906,核苷酸多样性指数(Pi)0.00402,平均核苷酸差异数(K)2.032,显示出较高的遗传多样性。遗传距离在0.005以内,没有达到种的分化;Fst在0.17942-0.38839之间,基因流Nm都小于4(0.78737-2.28676),AMOVA分析(Fst=0.28062,p<0.01)都说明3个泥鳅群体间有了较明显的遗传分化。UPMGA聚类分子系统树和单倍型网络关系图显示没有表现出地理区域性。Fu’Fst检验统计值介于-1.18527--3.87259,经检验济南群体为显著值(p﹤0.05),其它均为极显著(p<0.01),Tajima s D检测值为-1.47797--0.69931,P值显示不显著,表明泥鳅种群可能经历过种群扩张事件。 3.34个样品的线粒体12S rRNA基因片段进行PCR扩增和序列测定后,得到长度为399bp的同源序列。共检测到17个变异位点,13个单倍型,T、C、A、G碱基含平均量为22.6%、27.1%、30.4%和19.8%;总群体单倍型多样性指数(H)0.718,核苷酸多样性指数(Pi)0.0032,平均核苷酸差异数(K)1.273,显示出一定的遗传多样性。遗传距离显示未达到种的分化。群体之间分化系数在0.02093-0.16993之间,属于中轻度水平的分化,基因流Nm偏大,说明群体间交流相对充分。AMOVA分析(Fst=0.08027,p>0.05)显示分化不显著。Fu’Fst与Tajima s D检验值均不显著偏离中性,符合中性突变。……   
[关键词]:泥鳅;线粒体COI;16S rRNA基因;12S rRNA基因;遗传多样性
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:河南师范大学2012年