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栉孔扇贝(Chlamys farreri)cSNP的开发及其在单倍型构建中的应用

姜国栋

  1.栉孔扇贝SNP的筛选 本研究随机选取了500条栉孔扇贝454测序的cDNA序列,针对其中的候选位点设计引物和探针,共有259对引物成功扩增,引物可用率为68.5%,产物的大小在70—900 bp之间,与预期一致的有187对引物。取PCR产物大小在70—150 bp之间的引物对作为可用的引物,共187对,占引物设计总设计数目的49.5%。用6个个体对这187对引物进行探针验证,可用于分型的有101个位点,探针的可用率为54%。 实验采用HRM方法分型,用5个野生群体的48个个体进行筛选,共得到44个多态的SNP位点,包括34个转换和10个颠换。这44个多态位点来源的cDNA序列总长约为27646 bp,占总候选位点数目的17.4%,开发位点的密度相当于约630 bp/SNP。 用青岛群体的48个个体对这44个位点进行遗传评价。位点的主要遗传参数显示:44个位点在这5个群体中均具有多态性,期望杂合度在0.100到0.505之间,观测杂合度在0.104到0.875之间,其中有40个位点符合哈温平衡。以上结果表明栉孔扇贝基因组的转录区域变异度较高。 2.单倍型的构建 从数据库中选取采用48个青岛群体分型的SNP位点,将所在序列进行聚类得到8个Block,长度在376—2359 bp之间,平均长度为972 bp,每个Block包含3或4个SNP。PAGE检测显示C34869CHF、C5273CHF长度与预期大小基本一致。采用PHASE2.1程序进行单倍型的构建及单倍型频率的计算8个Block的单倍型及频率,单倍型的数量在8到16之间,位点的平均等位形式数目为12。 C16019CHF和C5471CHF分别有三种和两种主要的等位形式,其分布频率分布在0.000206—0.069202之间,单倍型频率差异显著,单倍型可确定的个体数为分别为28和29。C34869CHF的16种单倍型频率差异不显著,单倍型可确定的个体数仅为1。其他5个区域的单倍型频率分布情况与C16019CHF和C5471CHF相似。 两点间LD分析的结果显示,当P<0.05时,青岛群体的这8个Block不存在连锁不平衡关系。……   
[关键词]:栉孔扇贝;分子标记;单核苷酸多态性;转录组;高分辨率熔解曲线;单倍型;PHASE2.1;连锁不平衡
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:中国海洋大学2011年