手机知网 App
24小时专家级知识服务
打 开
手机知网|搜索

生物信息学在家蚕中用应用及Ras相关CTP结合蛋白C(BmRGPC的表达研究)

徐杰

   家蚕不仅是进行鳞翅目昆虫研究的重要模式生物,同时也是具有中国特色的生物学资源。蛹体不仅具有重要的药用价值和营养价值,而且能作为生物反应器表达各种有重要功能的药用蛋白。与家蚕的幼虫相比,家蚕蛹更易于进行蛋白质的大规模表达,因为它易于保存,且不用饲养,研究蚕蛹具有重要的生物学意义。 为研究家蚕全变态的发育过程中,尤其是化蛾的过渡期——蛹期,蛋白质的表达特征,在家蚕蛹期cDNA文库基础上,我们使用生物信息学手段,构建出蛋白质数据库A,该数据库的总记录数为4104。 在家蚕全基因组测序结束后,约有2万条家蚕基因被发现。我们使用BGI GENE FINDER(BGF)对6×家蚕全基因组序列进行分析后,得到了蛋白质数据库B,该数据库的总记录数为14,632。 同时我们使用质谱技术对家蚕蛹期的蛋白质进行了大规模测序,共获得了81000条有效的肽段,选取其中得分超过阈值的肽段共55400条进行数据加工和处理后,构建了蛋白质数据库C。 由于三大数据库都来自于家蚕,因此我们使用生物信息学手段对三大数据库进行分析,通过质谱测定的蛋白质数据库C与数据库A和B进行信息学搜索,发现分别有6649条和250条蛋白质序列能获得有意义的匹配,比率大约为45.4%和7.8%。对所有通过匹配得到蛋白质序列中进一步分析,结果表明有1393条序列含有跨膜结构,976条序列含有信号肽。从中找到一条与肿瘤抑制相关的蛋白质Ras-related GTP-binding Protein C(BmRGPC),全长为387个氨基酸残基,对应的全长cDNA序列的ORF框长度为1164bp。发现它在进化过程中高度保守,在Ras信号通路中处于关键地位,在其他物种中主要是起着癌症抑制剂的作用,而在家蚕中未见文献报道,对该基因进行了分子克隆和原核系统的表达研究,以填补该蛋白质在家蚕这一领域的空白。……   
[关键词]:家蚕;蛋白质数据库;质谱分析;基因表达;BmRGPC蛋白
[文献类型]:硕士论文
[文献出处]:浙江理工大学2010年