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新型鸭肝炎病毒基因组序列分析

袁率珍;范书才;李虹;李明义;范根成;姜畔;张兵

  为了解新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组变异情况,本研究对我们1999年从我国广东地区分离到的1株、2008年和2009年从山东地区分离到的2株与1型DHV(DHV-1)无抗原交叉性的新型DHV(N-DHV)全基因组序列测定的结果进行了分析。结果表明,N-DHV基因组全长7786~7788nt,仅有一个开放阅读框,其特征具有典型的微RNA病毒科病毒基因组结构。ORF编码一个2251aa的聚合蛋白,该蛋白经3C~(pro)切割产生3个结构蛋白(VP0、VP3、VP1)和8个非结构蛋白(2A1、2A2、2B、2C、3A、3B、3C、3D)。与其他N-DHV毒株及DHV-1的抗原性相关VP1蛋白氨基酸序列比对表明,3株病毒之间及与G株的同源性均在98%以上,与韩国N-DHV同源性均大于92%,与台湾N-DHV同源性为80.1~80.9%,与DHV-1的同源性为76.9~77.3%。3株病毒与韩国N-DHV VP1氨基酸差异位点主要集中在C-端的高变异区。依据微RNA病毒科人肠病毒属血清型分型标准,GD株、SD01株、SD02株与韩国N-DHV和G株属于同一血清型,而与DHV-1和台湾新型DHV属于不同的血清型。……