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坛紫菜EST-SSR分子标记的开发及应用(英文)

谢潮添;陈昌生;纪德华;徐燕

  采用生物信息学方法对NCBI数据库上公开的坛紫菜(Porphyra haitanensis)ESTs序列进行EST-SSRs特征分析,剔除冗余序列,得到非冗余序列3489条。在非冗余序列中发现其中210条EST序列中含有不同重复基元的SSRs224个。在各种重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(64.29%),其次是二核苷酸(33.48%),四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元出现频率较低。AG/TC和GGC/CCG是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的24.6%和33.9%。根据这些含有SSRs的EST序列,采用PPremier5.0软件设计了37对EST-SSRs引物,并以15个坛紫菜种质品系的DNA作为模板进行检验,结果表明其中28对引物可以扩增出清晰、稳定的条带。并根据这28对引物的扩增结果对15个坛紫菜种质品系进行了遗传变异分析,共检测到224个位点,每条引物检测的位点数在4~15之间,有效等位基因数,期望杂合度,多态信息含量分别为2.81,0.64和0.57。这些结果表明15个坛紫菜种质品系中蕴含着丰富的遗传变异位点,可以为后续的遗传育种提供良好的种质基础。……